动物科学
刘京鸽, 吴结革, 徐世永, 陈清, 张金璧
金陵科技学院学报.
2022, 38(1):
85-85.
利用生物信息学方法,对NCBI中公布的猪缺氧诱导因子HIF 1α基因的5′端上游2 000 bp长度的候选启动子区进行了核心启动子及转录结合位点的预测;同时对其所编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽、高级结构及进化关系进行了分析。结果显示:猪HIF 1α基因5′端上游存在潜在启动子区,存在CpG岛,存在多个转录因子结合位点,编码的蛋白为亲水性蛋白;蛋白质等电点为5.11,共由824个氨基酸组成,含量最高的为亮氨酸。HIF 1α蛋白主要定位于细胞核内,不存在跨膜结构域,为非跨膜蛋白,不存在信号肽,二级结构主要为α螺旋及无规卷曲。此外通过对猪HIF 1α基因序列的同源性比较发现,与猪HIF 1α基因同源性最近的是绵羊,同源性最远的是原鸡。此研究为猪HIF1α基因结构和功能的探索提供了一定的理论依据。